Jen málokteré z našich pohoří se může pochlubit trvalou přítomností velké šelmy, jakou je v Jeseníkách rys ostrovid. V posledních deseti letech zde žijí asi tři páry. Bohužel v roce 2005 již byly zaznamenány pobytové znaky jen dvou jedinců. Dá se říci, že taková populace již není stabilní a schopna přirozené reprodukce. S největší pravděpodobností je tento stav způsoben neoprávněným odlovem. V minulém desetiletí zde byly nalezeny také pobytové znaky vlka a medvěda.
Jeseníky jsou vhodným prostředím pro mnohé vzácné druhy ptáků. Horské hole a navazující rozvolněné porosty při hranici lesa hostí například lindušku horskou, kosa horského, bělořita šedého, vzácně modráčka tundrového, tetřeva hlušce, tetřívka obecného, v lesích hnízdí jeřábek obecný, čáp černý, na skalách sokol stěhovavý. Na loukách se vyskytuje celoevropsky ohrožený chřástal polní. Bohatě je zastoupena říše hmyzu, z nichž některé druhy jsou endemické – například vysokohorský druh motýla obaleče a někteří okáči.
Pozoruhodný je druh pavouka, který žije hluboko v sutích. Stará důlní díla jsou důležitým zimovištěm mnohých druhů netopýrů. Mezi nepůvodní druhy jesenické fauny patří kamzík horský, který byl do Jeseníků přivezen počátkem 20. století z Alp.